grep

El origen de GREP en UNIX.

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Por Rubén Fernández
En mi posting anterior hice referencia al comando GREP contenido en Linux. Es mi intención en los próximos postings presentar el uso de algo tan simple como el uso del comando GREP en la resolución de problemas bioinformáticos de un amplio rango en un modo simple y eficaz. Creo que el primer paso para lograr este propósito es presentar el comando, su origen , universalidad y simple uso. Originalmente GREP fué uno de los cientos de comando de linea contenido en el shell de los primeros sistemas UNIX. GREP no es más que una utilidad de búsqueda de cadenas de carácteres. El nombre proviene de ” Global  Regular Expression  Print ” ; en términos simples la función del comando GREP es buscar en archivos de textos  una expresión regular o cadena de carácteres dadas.
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El uso de PERL en Bioinformática.

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Por Rubén Fernández
Un amigo me ha preguntado la razón del uso predominante del lenguaje de programación PERL en el área de la bioinformática. El es fundamentalmente un biólogo dedicado a la preservación de la biodiversidad, pero está familiarizado a este punto con los bioinformáticos y el uso de sus herramientas. En definitiva hay tantos lenguages de programación poderosos y versátiles que él conoce de referencia, el hecho de que PERL es tan especial para la bioinformática, es básicamente su pregunta. Bueno, PERL es tan popular con los bioinformáticos porque es magnífico a la hora de resolver tareas bioinformáticas. Ya sé que esa es la respuesta mas trivial que se puede ofrecer por excelencia a esta pregunta, pero esto no será lo último que hablemos de PERL en este posting.
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